Công văn 2749/TCT-KK khấu trừ thuế giá trị gia tăng với công trình sử dụng vốn NSNN

Kính gửi: Cục Thuế TP. Hà Nội

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 18750/CT-KTT3 ngày 13/4/2018 của Cục Thuế TP. Hà Nội về việc khấu trừ thuế GTGT đối với các công trình sử dụng nguồn vốn NSNN. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Khoản 3, Khoản 11, Khoản 12 Điều 2 và Khoản 3 Điều 47 Nghị định số 37/2015/NĐ-CP ngày 22/4/2015 quy định chi tiết về hợp đồng xây dựng:

“Điều 2. Giải thích từ ngữ

...3. Bên nhận thầu là tổng thầu hoặc nhà thầu chính khi bên giao thầu là chủ đầu tư; là nhà thầu phụ khi bên giao thầu là tổng thầu hoặc nhà thầu chính.

...11. Nhà thầu chính là nhà thầu trực tiếp ký kết hợp đồng xây dựng với chủ đầu tư xây dựng.

...12. Nhà thầu phụ là nhà thầu ký kết hợp đồng xây dựng với nhà thầu chính hoặc tổng thầu.”

“Điều 47. Hợp đồng thầu phụ

...3. Chủ đầu tư thanh toán trực tiếp cho nhà thầu phụ trên cơ sở đề xuất thanh toán của nhà thầu chính hoặc tổng thầu, trừ trường hợp các bên có thỏa thuận khác.”

Tại Khoản 3 Điều 28 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính quy định:

“3. Kho bạc nhà nước nơi chủ đầu tư mở tài khoản giao dịch có trách nhiệm khấu trừ số thuế GTGT để nộp vào ngân sách nhà nước khi chủ đầu tư đến làm thủ tục thanh toán theo tỷ lệ quy định là 2% trên số tiền thanh toán khối lượng các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, các khoản thanh toán từ nguồn ngân sách nhà nước cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án sử dụng vốn ODA thuộc diện chịu thuế GTGT (phần vốn đối ứng trong nước thanh toán tại Kho bạc Nhà nước cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án ODA). Kho bạc Nhà nước chưa thực hiện khấu trừ thuế GTGT đối với trường hợp chủ đầu tư làm thủ tục tạm ứng vốn khi chưa có khối lượng công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản hoàn thành...

...Chủ đầu tư có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán ... gửi Kho bạc nhà nước nơi mở tài khoản giao dịch để kiểm soát, thanh toán theo quy định hiện hành và bổ sung thêm việc kê khai chi tiết tên, mã số thuế, cơ quan thuế quản lý của đơn vị nhận thầu hoặc cơ quan quản lý thuế nơi phát sinh công trình (trường hợp nhà thầu có hoạt động xây dựng, lắp đặt khác tỉnh/thành phố với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính), Kho bạc nhà nước hạch toán khoản thu (là Kho bạc nhà nước ngang cấp với cơ quan thuế quản lý nhà thầu hoặc Kho bạc nhà nước nơi có công trình trong trường hợp nhà thầu có hoạt động xây dựng, lắp đặt khác địa bàn tỉnh/thành phố với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính) vào phần “nộp thuế” để Kho bạc nhà nước thực hiện khấu trừ thuế GTGT và hạch toán thu ngân sách nhà nước.

Sau khi Kho bạc nhà nước thực hiện kiểm soát và phê duyệt các chứng từ thanh toán cho các công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, các dự án ODA thuộc diện chịu thuế GTGT, Kho bạc nhà nước thực hiện xác nhận trên chứng từ thanh toán, hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với khoản thuế GTGT đã khấu trừ và chuyển chứng từ cho cơ quan thuế quản lý theo thông tin về cơ quan quản lý thu ghi trên chứng từ.

Căn cứ vào hồ sơ chứng từ thanh toán được phê duyệt, Kho bạc nhà nước thực hiện thanh toán cho nhà thầu (bằng tổng số thanh toán trừ đi số thuế GTGT phải khấu trừ). Kho bạc nhà nước trả 02 liên chứng từ thanh toán cho chủ đầu tư để chủ đầu tư trả 01 liên cho nhà thầu. Số thuế GTGT do Kho bạc nhà nước khấu trừ theo chứng từ thanh toán này được trừ vào số thuế GTGT phải nộp của người nộp thuế là đơn vị nhận thầu. Chủ đầu tư thực hiện theo dõi việc giao nhận chứng từ thanh toán giữa chủ đầu tư với các đơn vị nhận thầu...”

Căn cứ vào các quy định nêu trên, đối với các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN, các khoản thanh toán từ nguồn ngân sách nhà nước cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án sử dụng vốn ODA mà chủ đầu tư ký hợp đồng với nhà thầu chính, sau đó nhà thầu chính giao lại một phần công việc cho các nhà thầu phụ theo hợp đồng giữa nhà thầu chính và nhà thầu phụ thì:

- Trường hợp các bên thỏa thuận chủ đầu tư thanh toán trực tiếp cho nhà thầu chính và nhà thầu phụ, chủ đầu tư khi làm thủ tục thanh toán với KBNN có trách nhiệm kê khai chi tiết tên, mã số thuế, cơ quan thuế quản lý của đơn vị nhận thầu (bao gồm cả nhà thầu chính và nhà thầu phụ) để KBNN thực hiện khấu trừ thuế GTGT và cấp chứng từ thanh toán cho các nhà thầu.

- Trường hợp chủ đầu tư thanh toán trực tiếp cho nhà thầu chính, sau đó nhà thầu chính thanh toán cho nhà thầu phụ thì chủ đầu tư có trách nhiệm kê khai chi tiết tên, mã số thuế, cơ quan thuế quản lý của đơn vị nhận thầu (là nhà thầu chính) khi làm thủ tục thanh toán với KBNN để KBNN thực hiện khấu trừ thuế GTGT và cấp chứng từ thanh toán cho nhà thầu chính.

Như vậy, đề xuất của Cục Thuế TP. Hà Nội đề nghị KBNN phối hợp chỉ đạo các KBNN tại các địa phương khi khấu trừ số thuế GTGT đối với các công trình sử dụng nguồn vốn NSNN thực hiện yêu cầu các chủ đầu tư hoặc nhà thầu chính kê khai chi tiết tên, mã số thuế, cơ quan thuế quản lý của đơn vị nhận thầu (bao gồm cả nhà thầu chính và các nhà thầu phụ, kể cả trường hợp chủ đầu tư không thanh toán trực tiếp cho nhà thầu phụ) để cơ quan KBNN thực hiện khấu trừ tương ứng hiện nay chưa có cơ sở để thực hiện.

Tổng cục Thuế sẽ tổng hợp vướng mắc của Cục Thuế TP. Hà Nội để báo cáo Bộ Tài chính khi sửa đổi, bổ sung các quy định của pháp luật liên quan cho phù hợp với tình hình quản lý thuế thực tế tại địa phương.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế TP. Hà Nội biết./.