Quyết định 1780/QĐ-TCHQ quy trình hoàn thuế, không thu thuế xét giảm thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu

QUYẾT ĐỊNH

VỀ VIỆC BAN HÀNH QUY TRÌNH HOÀN THUẾ, KHÔNG THU THUẾ XÉT GIẢM THUẾ ĐỐI VỚI HÀNG HÓA XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU

----------------------

TỔNG CỤC TRƯỞNG TỔNG CỤC HẢI QUAN

Căn cứ Luật Hải quan số 54/2014/QH13 ngày 23/6/2014;

Căn cứ Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 45/2005/QH11 ngày 14/06/2005;

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH10 ngày 29/11/2006; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012;

Căn cứ Nghị định số 87/2010/NĐ-CP ngày 13/8/2010 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số Điều của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

Căn cứ Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế;

Căn cứ Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/1/2015 của Chính phủ quy định chi tiết và biện pháp thi hành Luật Hải quan về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan;

Căn cứ Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;

Căn cứ Quyết định số 65/2015/QĐ-TTg ngày 17/02/2015 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Hải quan trực thuộc Bộ Tài chính;

Theo đề nghị của Cục trưởng Cục Thuế xuất nhập khẩu,

QUYẾT ĐỊNH:

Điều 1. Ban hành kèm theo Quyết định này Quy trình hoàn thuế, không thu thuế, xét giảm thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; Phụ lục các mẫu biểu. Quy trình này áp dụng đối với thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp; thuế tiêu thụ đặc biệt; thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng.

Điều 2. Quyết định này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày kể từ ngày ký và thay thế quy trình hoàn thuế, không thu thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu ban hành kèm theo Quyết định số 2424/QĐ-TCHQ ngày 27/11/2008 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan.

Trong quá trình thực hiện, trường hợp các văn bản được dẫn chiếu tại Quy trình ban hành kèm theo Quyết định này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế. Trường hợp phát sinh vướng mắc, các đơn vị kịp thời báo cáo để Tổng cục Hải quan xem xét, điều chỉnh cho phù hợp.

Điều 3. Cục trưởng Cục Thuế xuất nhập khẩu, Cục trưởng Cục Hải quan các tỉnh, thành phố và thủ trưởng các đơn vị thuộc cơ quan Tổng cục Hải quan chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này./.

QUY TRÌNH

HOÀN THUẾ, KHÔNG THU THUẾ, XÉT GIẢM THUẾ ĐỐI VỚI HÀNG HÓA XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU
(Ban hành kèm theo Quyết định số 1780/QĐ-TCHQ ngày 17 tháng 6 năm 2016 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan)

Phần I. QUY TRÌNH HOÀN THUẾ, KHÔNG THU THUẾ

Điều 1. Tiếp nhận hồ sơ

1. Việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, không, thu thuế thực hiện theo quy định tại Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (sau đây được gọi tắt là Thông tư 38/2015/TT-BTC).

2. Công chức tiếp nhận hồ sơ tiến hành kiểm tra số lượng các chứng từ có trong hồ sơ, lập phiếu tiếp nhận (Mẫu 01/PTN/KTT Phụ lục ban hành kèm theo quy trình này) ghi rõ ngày tiếp nhận hồ sơ, đóng dấu tiếp nhận, vào sổ theo quy định. Thời gian thực hiện các công việc nêu trên là ngay khi tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế của người nộp thuế.

Điều 2. Phân loại và phân công xử lý hồ sơ

1. Lãnh đạo đơn vị (Lãnh đạo đội, Lãnh đạo Chi cục) chỉ đạo thực hiện phân loại hồ sơ ngay sau khi tiếp nhận hồ sơ.

2. Việc phân loại hồ sơ thuộc diện hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau; hồ sơ kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau, thực hiện theo quy định tại khoản 5, 6 Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính.

a) Công chức được giao nhiệm vụ phân loại hồ sơ thực hiện:

a.1) Kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế, không thu thuế theo quy định tại khoản 5, 6 Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính.

a.2) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế chưa đầy đủ, công chức phân loại hồ sơ dự thảo Thông báo bổ sung thông tin, tài liệu (Mẫu số 05/TB/KTT) chuyển lãnh đạo bộ phận xem xét trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt. Chuyển Thông báo cho bộ phận văn thư để gửi cho người nộp thuế.

a.3) Trường hợp người nộp thuế gửi không đúng địa chỉ đơn vị hải quan có thẩm quyền giải quyết, trong thời hạn 02 ngày làm việc công chức phân loại hồ sơ lập phiếu đề xuất (Mẫu 03/ĐX/KTT) chuyển lãnh đạo bộ phận xem xét trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt, chuyển hồ sơ đến cơ quan có thẩm quyền giải quyết theo quy định.

a.4) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế đầy đủ các chứng từ theo quy định, trong thời hạn 02 ngày làm việc, công chức phân loại hồ sơ tiến hành kiểm tra hồ sơ, đối chiếu với chính sách thuế để lập Phiếu phân loại hồ sơ theo hai loại: Hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau; kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau (Mẫu số 02/PL/KTT) chuyển hồ sơ cho lãnh đạo bộ phận.

b) Lãnh đạo bộ phận thực hiện:

b.1) Kiểm tra, xác nhận kết quả phân loại hồ sơ;

b.2) Trường hợp không đồng ý với đề xuất của công chức phải ghi rõ ý kiến vào phiếu phân loại hồ sơ.

b.3) Trường hợp đồng ý, dự kiến phân công công chức xử lý hồ sơ.

c) Lãnh đạo đơn vị thực hiện:

c.1) Kiểm tra và phê duyệt nội dung đề xuất của lãnh đạo bộ phận.

c.2) Trường hợp không đồng ý với việc phân loại hồ sơ và dự kiến phân công công chức xử lý hồ sơ, lãnh đạo đơn vị phải ghi rõ ý kiến vào phiếu phân loại hồ sơ chuyển lãnh đạo bộ phận thực hiện.

3. Việc phân loại hồ sơ, phân công xử lý hồ sơ được thực hiện trong thời hạn chậm nhất 8 giờ làm việc, kể từ thời điểm tiếp nhận đủ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế.

Điều 3. Kiểm tra hồ sơ thuộc loại hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau

1. Công chức được giao nhiệm vụ xử lý hồ sơ thực hiện:

a) Kiểm tra các chứng từ trong hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế do người nộp thuế nộp cho cơ quan hải quan;

b) Kiểm tra số tiền thuế đề nghị hoàn thuế, không thu thuế trong hồ sơ của người nộp thuế, đối chiếu với các quy định hiện hành để xác định tính hợp lệ của hồ sơ;

c) Đối chiếu số tiền thuế người nộp thuế đề nghị hoàn thuế, không thu thuế với số tiền thuế được ghi nhận trong chương trình kế toán tập trung để xác định chính xác số tiền thuế được hoàn, không thu;

d) Đối chiếu các thông tin trên hồ sơ đề nghị hoàn thuế, không thu thuế với dữ liệu trên hệ thống Vnaccs, Hệ thống thông tin nghiệp vụ hải quan VCIS, Hệ thống E-Customs, các chương trình nghiệp vụ có liên quan để xác định thông tin về hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;

e) Trường hợp hồ sơ không thuộc đối tượng hoặc không đủ điều kiện hoàn thuế, không thu thuế, công chức xử lý hồ sơ lập Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT), Thông báo (Mẫu số 09/TB/KTT) chuyển lãnh đạo bộ phận xem xét trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt. Chuyển thông báo cho bộ phận văn thư để gửi cho người nộp thuế.

g) Trường hợp hồ sơ cần giải trình bổ sung thông tin tài liệu để làm căn cứ xử lý hoàn thuế, không thu thuế công chức xử lý hồ sơ dự thảo Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (Mẫu số 05/TB/KTT) chuyển lãnh đạo bộ phận xem xét trình lãnh đạo đơn vị ký. Chuyển Thông báo cho bộ phận văn thư để gửi cho người nộp thuế.

g.1) Trường hợp người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ bằng văn bản, công chức xử lý hồ sơ lưu văn bản giải trình vào hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế.

g.2) Trường hợp người nộp thuế giải trình trực tiếp với cơ quan hải quan, công chức xử lý hồ sơ phải lập Biên bản làm việc (Mẫu số 06/BB/KTT).

g.3) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin nhưng chưa đầy đủ, cần giải trình bổ sung, những lần giải trình trực tiếp tiếp theo của người nộp thuế với cơ quan hải quan cũng phải lập Biên bản làm việc (Mẫu số 06/BB/KTT) như giải trình lần đầu. Thời hạn giải trình và bổ sung thông tin của người nộp thuế không quá 3 ngày làm việc.

g.4) Trường hợp đã giải trình hoặc đã bổ sung đủ hồ sơ nhưng chưa đủ điều kiện để xử lý hoàn thuế, không thu thuế, cơ quan hải quan cần tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, công chức xử lý hồ sơ lập Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT), dự thảo Thông báo cho người nộp thuế về việc cơ quan hải quan chuyển hồ sơ sang loại kiểm tra trước, hoàn thuế sau (Mẫu số 07/TB/KTT) chuyển lãnh đạo bộ phận trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt. Thời gian thực hiện các công việc để chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau chậm nhất không quá 2 ngày làm việc, kể từ ngày người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung đầy đủ hồ sơ với cơ quan hải quan.

g.5) Trường hợp sau khi người nộp thuế đã giải trình, bổ sung nhưng không thuộc đối tượng hoặc không đủ điều kiện để hoàn thuế, không thu thuế, công chức xử lý hồ sơ lập Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT) và dự thảo Thông báo (Mẫu 09/TB/KTT) cho người nộp thuế về việc hồ sơ không thuộc đối tượng hoặc không đủ điều kiện hoàn thuế, không thu thuế.

h) Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm trong hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế, công chức xử lý hồ sơ lập tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT), dự thảo Thông báo cho người nộp thuế về việc tạm dừng giải quyết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế (Mẫu số 11/TB/KTT) báo cáo lãnh đạo bộ phận để trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt. Đối với các vụ việc phức tạp, đơn vị tiếp nhận hồ sơ lập tờ trình báo cáo lãnh đạo Cục, sau khi lãnh đạo Cục phê duyệt, tiến hành bàn giao hồ sơ cho đơn vị được Cục phân công để tiến hành xác minh làm rõ các sai phạm để xử lý theo các quy định của pháp luật.

Trường hợp sau khi xác minh nếu xác định người nộp thuế không vi phạm thì hồ sơ được bàn giao lại cho đơn vị tiếp nhận hồ sơ ban đầu để làm thủ tục hoàn thuế, không thu thuế theo quy định.

2. Lãnh đạo bộ phận thực hiện:

Kiểm tra nội dung đề xuất của công chức, đối chiếu với các quy định hiện hành nếu đồng ý với nội dung đề xuất của công chức thì xác nhận vào tờ trình, trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt. Trường hợp không đồng ý với đề xuất của công chức thì ghi rõ lý do chuyển công chức xử lý hồ sơ thực hiện.

3. Lãnh đạo đơn vị thực hiện:

Kiểm tra hồ sơ, đối chiếu với nội dung đề xuất của công chức. Trường hợp đồng ý với đề xuất thì ghi rõ ý kiến vào tờ trình và ký các giấy tờ, tài liệu theo quy định. Trường hợp không đồng ý thì ghi rõ ý kiến chỉ đạo vào tờ trình chuyển lãnh đạo bộ phận để chỉ đạo công chức thực hiện.

Điều 4. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau (quy định tại khoản 6 Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính); hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau nhưng dựa trên hồ sơ cơ quan hải quan không đủ căn cứ hoàn thuế, cần tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để xác định chính xác số tiền thuế được hoàn, không thu.

1. Chuẩn bị trước khi kiểm tra

a) Công chức xử lý hồ sơ thực hiện:

a.1) Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế, thực hiện đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn, số tiền thuế không thu với dữ liệu trên hệ thống Vnaccs, Hệ thống thông tin nghiệp vụ hải quan VCIS, Hệ thống E-Customs, chương trình kế toán tập trung KTT và các chương trình quản lý có liên quan để xác định các nội dung cần kiểm tra.

a.2) Chuẩn bị hồ sơ kiểm tra tại doanh nghiệp báo cáo lãnh đạo bộ phận trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt, bao gồm:

a.2.1) Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT) về việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế kèm toàn bộ hồ sơ. Trong tờ trình phải nêu rõ đối tượng, phạm vi, nội dung, yêu cầu và thời gian kiểm tra.

a.2.2) Dự thảo Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (Mẫu 10/QĐ/KTT).

a.3) Sau khi lãnh đạo đơn vị ký quyết định kiểm tra, công chức xử lý hồ sơ thực hiện:

a.3.1) Chuyển 01 Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế cho bộ phận văn thư để gửi cho người nộp thuế;

a.3.2) Chuyển 01 Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế kèm toàn bộ hồ sơ cho trưởng đoàn kiểm tra.

Thời gian thực hiện các công việc nêu trên chậm nhất không quá 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

a.4) Trường hợp Chi cục thực hiện hoàn thuế, không thu thuế không trực tiếp tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, việc kiểm tra được Cục Hải quan tỉnh, thành phố giao cho một Chi cục Hải quan khác thực hiện. Công chức xử lý hồ sơ của Chi cục làm thủ tục hoàn thuế, không thu thuế lập Phiếu đề xuất (Mẫu 08/ĐX/KTT) trình lãnh đạo bộ phận xem xét, trình lãnh đạo Chi cục phê duyệt Các nội dung đề nghị đoàn kiểm tra xác định rõ, thời gian trả kết quả kiểm tra để có căn cứ ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế đúng thời hạn quy định.

b) Trưởng đoàn kiểm tra thực hiện:

b.1) Tiến hành nghiên cứu hồ sơ ngay sau khi nhận được quyết định kiểm tra, đối chiếu các thông tin trong hồ sơ với dữ liệu trên các hệ thống của cơ quan hải quan, thông tin thu thập được từ các đơn vị có liên quan để lập kế hoạch kiểm tra chi tiết;

b.2) Tổ chức họp để phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên trong đoàn kiểm tra, tổ chức nghiên cứu hồ sơ, dự kiến các tình huống có thể phát sinh và phương án giải quyết

2. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Trình tự thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thực hiện như sau:

Bước 1. Gửi quyết định kiểm tra cho người nộp thuế

Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày ký.

Bước 2. Công bố quyết định kiểm tra.

Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày gửi quyết định, cơ quan hải quan phải tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Trước khi kiểm tra Trưởng đoàn kiểm tra phải công bố quyết định kiểm tra và lập biên bản công bố Quyết định kiểm tra (Mẫu 14/BB/KTT).

Bước 3. Thực hiện kiểm tra.

a) Thời gian kiểm tra

Thời gian kiểm tra không quá 05 ngày làm việc tại cơ sở sản xuất, trụ sở của người nộp thuế. Đối với trường hợp phức tạp cần kéo dài thời gian để xác minh, thu thập tài liệu thì chậm nhất là trước 01 ngày kết thúc thời hạn kiểm tra, trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo bằng văn bản với người đã ký quyết định kiểm tra để ban hành Quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra. Cục trưởng Cục Hải quan (hoặc Chi cục trưởng được ủy quyền) ban hành quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra nhưng không quá 05 ngày làm việc (Mẫu 13/QĐ/KTT).

Trường hợp người nộp thuế không chấp hành quyết định kiểm tra của cơ quan hải quan, đoàn kiểm tra lập biên bản làm căn cứ xử lý vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật.

Kết quả kiểm tra phải lập biên bản giữa đoàn kiểm tra với đại diện có thẩm quyền của người nộp thuế (Mẫu số 15/BB/KTT).

b) Phạm vi kiểm tra

Phạm vi kiểm tra được ghi rõ trong quyết định kiểm tra. Trong quá trình kiểm tra, trường hợp cần mở rộng phạm vi kiểm tra để xác định chính xác số tiền người nộp thuế đề nghị hoàn thuế, không thu thuế trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người đã ký quyết định kiểm tra xem xét, phê duyệt.

Trường hợp người nộp thuế thực hiện kế toán trên máy vi tính bằng phần mềm kế toán (đáp ứng quy định tại Thông tư 103/2005/TT-BTC ngày 24/11/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn tiêu chuẩn và điều kiện của phần mềm kế toán), đoàn kiểm tra yêu cầu cung cấp sổ kế toán trên các dữ liệu điện tử, có nội dung như bản người nộp thuế đã in ra để lưu trữ (không yêu cầu người nộp thuế in ra giấy).

Trưởng đoàn kiểm tra và các thành viên trong đoàn kiểm tra không được yêu cầu người nộp thuế cung cấp các thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra.

c) Nội dung kiểm tra

Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế các nội dung sau đây và dừng lại khi đã có đủ căn cứ xác định chính xác số tiền hoàn thuế, không thu thuế:

c.1) Kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế; kiểm tra chứng từ sổ sách kế toán, phiếu nhập xuất kho, chứng từ thanh toán tiền hàng; kiểm tra việc hạch toán kế toán; định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư. Đối chiếu tính thống nhất, hợp lệ của hồ sơ, số tiền thuế đề nghị hoàn, không thu với số liệu trong hệ thống sổ sách kế toán của người nộp thuế;

c.2) Kiểm tra các chứng từ khác có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đề nghị hoàn thuế, không thu thuế;

c.3) Kiểm tra nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị trong dây chuyền sản xuất;

c.4) Kiểm tra thực tế quy trình sản xuất; đối chiếu định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư, tỷ lệ hao hụt do doanh nghiệp khai báo với thực tế sản xuất;

c.5) Kiểm tra sự phù hợp của sản phẩm với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu (trường hợp sản phẩm hoàn chỉnh cùng loại với sản phẩm đề nghị hoàn thuế/không thu thuế còn lưu tại kho của người nộp thuế).

c.6) Kiểm tra sản phẩm dở dang đang trong quá trình sản xuất;

c.7) Kiểm tra nguyên liệu, vật tư, hàng hóa còn tồn trong kho;

c.8) Kiểm tra số lượng hàng hóa, sản phẩm chưa xuất khẩu;

c.9) Kiểm tra, xác minh, đối chiếu các giao dịch kinh doanh với các tổ chức, cá nhân khác có liên quan trong trường hợp qua kiểm tra phát hiện vụ việc có tính chất phức tạp, cần tiến hành kiểm tra thêm;

c.10) Kiểm tra nội dung kê khai của người nộp thuế về tỷ lệ khấu hao; phân bổ giá trị hàng hóa trong thời gian sử dụng và lưu tại Việt Nam; cách tính tỷ lệ khấu hao trên sổ sách, chứng từ kế toán đối chiếu với chính sách thuế hiện hành và các quy định của pháp luật có liên quan để làm cơ sở hoàn lại số tiền thuế tương ứng với giá trị sử dụng còn lại của hàng hóa (thực hiện đối với trường hợp quy định tại khoản 9 Điều 114 Thông tư 38/2015/TT-BTC).

Bước 4. Kết luận kiểm tra

1. Dự thảo kết luận kiểm tra

Kết quả kiểm tra cơ quan hải quan xác định hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế hợp lệ, số tiền đề nghị hoàn thuế, không thu thuế phù hợp với thông tin trên hệ thống của cơ quan hải quan, phù hợp với sổ sách, chứng từ kế toán, chứng từ thanh toán, các giao dịch có liên quan (nếu có); quy trình sản xuất, định mức sản xuất; địa điểm sản xuất thì chấp nhận số liệu khai báo của người nộp thuế, dự thảo kết luận kiểm tra.

Trường hợp cơ quan hải quan xác định số tiền đề nghị hoàn thuế, không thu thuế không phù hợp với thông tin trên hệ thống của cơ quan hải quan, sổ sách, chứng từ kế toán, chứng từ thanh toán, các giao dịch có liên quan (nếu có); quy trình sản xuất, định mức sản xuất; địa điểm sản xuất thì dự thảo kết luận kiểm tra về việc không chấp nhận số liệu khai báo của người nộp thuế.

2. Gửi dự thảo kết luận kiểm tra

Chậm nhất 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, Chi cục Hải quan thực hiện kiểm tra gửi dự thảo kết luận kiểm tra cho người nộp thuế bằng FAX hoặc thư bảo đảm.

3. Giải trình của người nộp thuế

Trường hợp người nộp thuế không thống nhất với dự thảo kết luận kiểm tra của cơ quan hải quan, trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được dự thảo kết luận kiểm tra, người nộp thuế phải gửi văn bản giải trình cho cơ quan hải quan.

4. Ban hành kết luận kiểm tra

a) Chậm nhất 05 ngày làm việc, kể từ ngày người nộp thuế hết thời hạn giải trình, Cục trưởng cục Hải quan (hoặc người được ủy quyền) ban hành kết luận kiểm tra (Mẫu 16/KL/KTT).

a.1) Trường hợp đủ điều kiện hoàn thuế không thu thuế thực hiện các bước quy định tại Điều 5 quy trình này.

a.2) Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo quy định tại điểm g.5 khoản 1 Điều 3 Quy trình này.

b) Đối với các vụ việc phức tạp thời hạn ban hành kết luận kiểm tra thực hiện theo hướng dẫn tại điểm d khoản 6 Điều 59 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Điều 5. Hoàn thuế, không thu thuế

1. Ban hành quyết định:

a) Công chức xử lý hồ sơ thực hiện:

a.1) Lập Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT);

a.2) Dự thảo Quyết định hoàn thuế (Mẫu 11/QĐHT/TXNK), không thu thuế Mẫu 12/QĐKTT/TXNK (Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính) kèm toàn bộ hồ sơ đến lãnh đạo phụ trách bộ phận.

b) Lãnh đạo phụ trách bộ phận thực hiện:

b.1) Kiểm tra toàn bộ hồ sơ và nội dung Tờ trình;

b.2) Đối chiếu thông tin trên hồ sơ, tờ trình với thông tin có trên hệ thống, ghi ý kiến vào Tờ trình để trình lãnh đạo đơn vị.

b.3) Trường hợp lãnh đạo phụ trách bộ phận không thống nhất ý kiến với công chức xử lý hồ sơ thì ghi rõ ý kiến chuyển công chức xử lý hồ sơ thực hiện. Thời gian thực hiện chậm nhất không quá 01 (một) ngày làm việc.

c) Lãnh đạo đơn vị thực hiện:

c.1) Kiểm tra hồ sơ, nội dung Tờ trình, ký quyết định hoàn thuế, không thu thuế. Thời gian thực hiện chậm nhất không quá 01 (một) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ.

c.2) Trường hợp lãnh đạo đơn vị không đồng ý với nội dung Tờ trình, ghi rõ ý kiến chuyển lãnh đạo bộ phận thực hiện.

2. Phát hành quyết định

a) Công chức xử hồ sơ thực hiện

a.1) Cấp mã số quản lý hải quan:

Sau khi lãnh đạo đơn vị ký quyết định hoàn thuế, không thu thuế, công chức xử lý hồ sơ thực hiện cấp mã số quản lý hải quan theo trật tự mã số: Mã Chi cục Hải quan/Số thứ tự/Năm/Mã hoàn thuế, không thu thuế (hoàn/không thu trước hoặc kiểm tra trước)/Mã loại hình tờ khai. Mã số quản lý Hải quan được ghi vào quyết định hoàn thuế.

- Hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau ghi mã HT01.

- Kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau ghi mã hoàn thuế HT02.

- Không thu thuế trước, kiểm tra sau ghi mã KT01.

- Kiểm tra trước, không thu thuế sau ghi mã KT02.

a.2) Chuyển các văn bản đã được lãnh đạo ký đến bộ phận văn thư để lấy số, đóng dấu ban hành văn bản đi theo quy định.

b) Bộ phận văn thư thực hiện:

b.1) Phát hành 04 bản quyết định đối với trường hợp không thu thuế; 05 bản quyết định đối với trường hợp hoàn thuế; 06 bản quyết định đối với trường hợp hoàn tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa.

b.2) Gửi quyết định hoàn thuế, không thu thuế đến các bộ phận có liên quan trong đơn vị ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là đầu giờ ngày làm việc tiếp theo.

b.3) Gửi quyết định hoàn thuế, không thu thuế cho người nộp thuế: Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ qua đường bưu chính, bộ phận văn thư gửi quyết định và các văn bản có liên quan (nếu có) cho người nộp thuế qua đường bưu chính. Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ trực tiếp tại cơ quan hải quan, bộ phận văn thư trả quyết định cho người nộp thuế, lập sổ giao nhận, ghi rõ số quyết định, họ tên, số chứng minh thư/hộ chiếu của người trực tiếp nhận quyết định.

b.4) Gửi 01 bản chính Quyết định hoàn thuế qua đường bưu chính cho cơ quan Thuế địa phương nơi người nộp thuế đóng trụ sở, trong trường hợp:

- Quyết định hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp; thuế tiêu thụ đặc biệt; thuế bảo vệ môi trường phát sinh sau khi doanh nghiệp đã quyết toán thuế hàng năm với cơ quan thuế địa phương.

- Quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Thời hạn ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế:

Thực hiện theo quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế.

4. Cơ quan hải quan ra quyết định không thu thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tái nhập là hàng đã xuất khẩu trước đây, không thu thuế xuất khẩu đối với hàng hóa tái xuất khẩu trả lại hoặc xuất khẩu sang nước thứ ba hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan là hàng đã nhập khẩu trước đây, nếu tại thời điểm làm thủ tục tái nhập, tái xuất người khai hải quan nộp đủ hồ sơ không thu thuế theo hướng dẫn tại Điều 121 hoặc Điều 122 Thông tư 38/2015/TT-BTC (trường hợp không thu thuế xuất khẩu đối với hàng hóa tái xuất khẩu trả lại hoặc xuất khẩu sang nước thứ ba hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan, cơ quan hải quan không yêu cầu người nộp thuế phải có chứng từ, thông tin về hàng hóa đã xuất khẩu theo quy định tại Điều 53 Thông tư 38/2015/TT-BTC) và cơ quan hải quan có đủ cơ sở xác định hàng hóa nhập khẩu là hàng đã xuất khẩu trước đây, hàng hóa xuất khẩu là hàng đã nhập khẩu trước đây.

Thời hạn ra quyết định không thu thuế theo quy định tại Điều 23 Luật Hải quan, khoản 12 Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Điều 6. Thanh khoản và cập nhật thông tin

1. Công chức xử lý hồ sơ cập nhật thông tin hoàn thuế, không thu thuế vào hệ thống.

2. Thực hiện thanh khoản số tiền thuế được hoàn, không thu và đóng dấu trên tờ khai hải quan do người nộp thuế nộp: “Hoàn thuế/không thu thuế;... đồng, theo Quyết định số ... ngày ... tháng ... năm ... của ...” (Mẫu dấu thực hiện theo Mẫu số 18/MDHT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư 38/2015/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn của Tổng cục Hải quan), sao lại 01 bản lưu bộ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế, trả lại tờ khai hải quan gốc cho người nộp thuế.

3. Trường hợp tờ khai hải quan được sử dụng nhiều lần để hoàn thuế, không thu thuế công chức xử lý hồ sơ thực hiện như sau:

a) Lập bảng kê theo dõi mỗi lần hoàn thuế, không thu thuế, ghi rõ trên tờ khai hải quan về việc đã lập bảng kê theo dõi (các chỉ tiêu: Tổng số tiền thuế đề nghị hoàn thuế, không thu thuế; số tiền thuế đã hoàn thuế, không thu thuế; số quyết định hoàn thuế, không thu thuế; số tiền thuế còn lại chưa được hoàn thuế, không thu thuế).

b) Ghi rõ trên bảng kê số tiền của từng lần đã hoàn thuế, không thu thuế và đóng dấu hoàn thuế, không thu thuế của đơn vị lên bảng kê;

c) Đóng dấu hoàn thuế, không thu thuế trên tờ khai hải quan lưu tại doanh nghiệp tại lần làm thủ tục hoàn thuế, không thu thuế cuối cùng;

d) Sao 01 bản tờ khai đã hoàn thuế hoặc không thu thuế để lưu vào hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế và trả lại tờ khai hải quan cho người nộp thuế như trường hợp hoàn thuế hoặc không thu thuế một lần;

e) Cập nhật các thông tin vào hệ thống kế toán tập trung.

4. Đối với các hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau, Chi cục Hải quan đã thực hiện hoàn thuế, không thu thuế định kỳ hàng tháng chịu trách nhiệm đề xuất các trường hợp cần tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế trình lãnh đạo Cục Hải quan tỉnh, thành phố phê duyệt.

Điều 7. Lưu trữ hồ sơ, thông tin

1. Lưu trữ hồ sơ giấy

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau:

a.1) Bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế có trách nhiệm lưu trữ hồ sơ hoàn thuế do bộ phận giải quyết. Hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau phải được phân loại và lưu trữ riêng theo hai nhóm: Hồ sơ trọng điểm cần kiểm tra trong thời hạn 01 năm; hồ sơ kiểm tra trong thời hạn 10 năm theo quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế.

a.2) Bộ phận kế toán có trách nhiệm lưu trữ bản chính lệnh hoàn trả đã có xác nhận của Kho bạc nhà nước.

b) Đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế, không thu thuế sau, sau thời gian 01 (một) năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế, hồ sơ được chuyển hồ sơ đến bộ phận lưu trữ thuộc cơ quan hải quan để lưu trữ theo quy định.

2. Lưu trữ trong cơ sở dữ liệu của ngành hải quan

Cục Công nghệ thông tin và Thống kê Hải quan chịu trách nhiệm hỗ trợ xử lý các thông tin theo quy trình hoàn thuế, không thu thuế; lưu trữ các thông tin được xử lý trên hệ thống máy tính đảm bảo an toàn, đúng chế độ bảo mật; thực hiện cung cấp cho các bộ phận có liên quan theo đúng chế độ cung cấp thông tin của ngành hải quan.

Điều 8. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và hạch toán kế toán

Thực hiện theo quy định tại Điều 49, Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Điều 9. Báo cáo số liệu hoàn thuế, không thu thuế

Các đơn vị hải quan lập Báo cáo số liệu hoàn thuế theo quy định tại Thông tư 212/2014/TT-BTC ngày 31/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Kỳ hạn nộp báo cáo thực hiện theo quy định tại Điều 25; thời hạn nộp báo cáo thực hiện theo quy định tại Điều 26 Thông tư 212/2014/TT-BTC ngày 31/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Phần II. QUY TRÌNH XÉT GIẢM THUẾ

Điều 10. Đối tượng áp dụng

Các trường hợp xét giảm thuế quy định tại Điều 111 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính, bao gồm:

1. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đang trong quá trình giám sát của cơ quan hải quan, nếu bị hư hỏng, mất mát được cơ quan, tổ chức có thẩm quyền giám định chứng nhận thì được xét giảm thuế tương ứng với tỷ lệ tổn thất thực tế của hàng hóa.

2. Nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu theo hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu bị thiệt hại một phần hoặc còn giá trị sử dụng do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ, được giảm thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu tương ứng với tỷ lệ tổn thất.

Điều 11. Tiếp nhận và phân công xử lý hồ sơ

1. Tiếp nhận hồ sơ

a) Trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đang trong quá trình giám sát của cơ quan hải quan, nếu bị hư hỏng, mất mát được cơ quan, tổ chức có thẩm quyền giám định chứng nhận. Công chức tiếp nhập hồ sơ lập phiếu tiếp nhận Mẫu 01/PTN/KTTT, hồ sơ bao gồm:

a.1) Các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan quy định tại Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC;

a.2) Các chứng từ liên quan đến hàng hóa bị hư hỏng, mất mát bao gồm:

- Công văn yêu cầu xét giảm thuế của người nộp thuế;

- Giấy chứng nhận giám định về số lượng hàng hóa bị mất mát hoặc tỷ lệ tổn thất thực tế của hàng hóa nhập khẩu: Nộp 01 bản chính;

- Hợp đồng bảo hiểm, thông báo trả tiền bồi thường của tổ chức nhận bảo hiểm (nếu có): Nộp 01 bản chụp;

- Trường hợp người nộp thuế không mua bảo hiểm thì hồ sơ xét giảm thuế không bao gồm hợp đồng bảo hiểm, thông báo trả tiền bồi thường của tổ chức nhận bảo hiểm; hợp đồng/biên bản thỏa thuận đền bù của hãng vận tải đối với trường hợp tổn thất do hãng vận tải gây ra. Trường hợp có Hợp đồng bảo hiểm nhưng Hợp đồng bảo hiểm không bao gồm nội dung bồi thường về thuế thì phải có xác nhận của cơ quan bảo hiểm: Nộp 01 bản chính;

- Hợp đồng/biên bản thỏa thuận đền bù của hãng vận tải đối với trường hợp tổn thất do hãng vận tải gây ra (nếu có): Nộp 01 bản chụp;

- Trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy, ngoài các chứng từ nêu trên, người nộp thuế nộp thêm tờ khai hải quan. Công chức hải quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm ghi nhận số lượng tài liệu có trong hồ sơ, đóng dấu công văn đến, ghi rõ ngày tiếp nhận hồ sơ, vào sổ công văn đến và chuyển cho bộ phận xét giảm thuế.

b) Trường hợp nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu theo hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu bị thiệt hại một phần hoặc toàn bộ. Công chức tiếp nhập hồ sơ lập phiếu tiếp nhận Mẫu 01/PTN/KTTT, hồ sơ bao gồm:

b.1) Các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan quy định tại Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC;

b.2) Công văn yêu cầu xét giảm thuế của người nộp thuế có nêu rõ: số tờ khai hải quan, tên hàng, số lượng, trị giá, nguyên nhân dẫn đến thiệt hại, tỷ lệ tổn thất, số tiền thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng trên tờ khai, số tiền thuế đề nghị được giảm; cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã khai báo;

b.3) Biên bản xác nhận nguyên nhân thiệt hại của cơ quan chức năng: Biên bản xác nhận vụ cháy của cơ quan cảnh sát phòng cháy chữa cháy nơi xảy ra vụ cháy; văn bản xác nhận của Ủy ban nhân dân tỉnh về việc thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ gây thiệt hại cho nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu: Nộp 01 bản chính

b.4) Giấy chứng nhận giám định của thương nhân kinh doanh dịch vụ giám định về số lượng hàng hóa bị mất mát hoặc tỷ lệ tổn thất thực tế của hàng hóa nhập khẩu: Nộp 01 bản chính;

b.5) Hợp đồng bảo hiểm, thông báo trả tiền bồi thường của tổ chức nhận bảo hiểm (nếu có): Nộp 01 bản chụp (trừ trường hợp người nộp thuế không mua bảo hiểm). Trường hợp Hợp đồng bảo hiểm không bao gồm nội dung bồi thường về thuế thì phải có xác nhận của cơ quan bảo hiểm: Nộp 01 bản chính;

b.6) Hợp đồng/biên bản thỏa thuận đền bù của hãng vận tải đối với trường hợp tổn thất do hãng vận tải gây ra (nếu có): Nộp 01 bản chụp;

b.7) Các chứng từ khác có liên quan (nếu có).

2. Phân công xử lý hồ sơ

Lãnh đạo Chi cục phân công công chức xử lý hồ sơ xét giảm thuế ngay trong ngày làm việc.

Điều 12. Kiểm tra hồ sơ

1. Trường hợp hồ sơ không đầy đủ

a) Công chức xử lý hồ sơ lập Tờ trình (Mẫu số 04/TT/KTT) kèm Thông báo (Mẫu số 05/TB/KTT) ghi rõ những chứng từ còn thiếu và yêu cầu người nộp thuế bổ sung, báo cáo lãnh đạo bộ phận trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt. Chuyển thông báo cho bộ phận văn thư để gửi cho người nộp thuế.

b) Trường hợp người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ bằng văn bản thì công chức xử lý hồ sơ phải lưu văn bản giải trình vào hồ sơ xét giảm thuế.

c) Trường hợp người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin trực tiếp với cơ quan hải quan thì công chức xử lý hồ sơ phải tiến hành lập Biên bản làm việc (Mẫu số 06/BB/KTT).

d) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin nhưng vẫn chưa đầy đủ, những lần giải trình trực tiếp tiếp theo của người nộp thuế cũng phải lập Biên bản làm việc (Mẫu số 06/BB/KTT) như giải trình lần đầu.

e) Trường hợp đã giải trình nhưng cơ quan hải quan xác định hồ sơ không thuộc đối tượng xét giảm hoặc không đủ điều kiện xét giảm thuế thì công chức xử lý hồ sơ lập Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT) và dự thảo Thông báo (Mẫu 09/TB/KTT) báo cáo lãnh đạo bộ phận trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt. Sau khi lãnh đạo phê duyệt công chức xử lý hồ sơ chuyển Thông báo tới bộ phận văn thư để gửi cho người nộp thuế.

g) Trường hợp người nộp thuế gửi không đúng Chi cục Hải quan có thẩm quyền giải quyết, công chức lập phiếu đề xuất (Mẫu 03/ĐX/KTT) chuyển lãnh đạo bộ phận xem xét trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt, chuyển hồ sơ đến đơn vị có thẩm quyền giải quyết theo quy định.

Thời gian thực hiện các công việc nêu trên không quá 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.

2. Trường hợp hồ sơ đầy đủ:

2.1. Đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đang trong quá trình giám sát của cơ quan hải quan, nếu bị hư hỏng, mất mát được cơ quan, tổ chức có thẩm quyền giám định chứng nhận, việc xét giảm thuế được thực hiện trong thông quan, trình tự các bước thực hiện như sau:

a) Công chức xử lý hồ sơ thực hiện:

a.1) Kiểm tra hồ sơ theo quy định tại Điều 7 Quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu ban hành kèm theo Quyết định số 1966/QĐ-TCHQ ngày 10/7/2015 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan;

a.2) Kiểm tra nội dung đề nghị xét giảm thuế của người nộp thuế. Kiểm tra chứng từ bảo hiểm và các chứng từ khác có liên quan để xác định mức độ thiệt hại;

a.3) Đối chiếu các thông tin về số tiền đề nghị giảm thuế với dữ liệu trên hệ thống Vnaccs, Hệ thống thông tin nghiệp vụ hải quan VCIS, Hệ thống E- Customs và các chương trình quản lý có liên quan;

Trường hợp xác định hồ sơ đủ điều kiện xét giảm thuế thì Lập Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT), dự thảo quyết định giảm thuế (Mẫu 17/QĐ/KTT) báo cáo lãnh đạo Đội/bộ phận để trình lãnh đạo Chi cục phê duyệt.

Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm trong hồ sơ xét giảm thuế thì công chức xử lý hồ sơ lập Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT) và dự thảo Thông, báo cho người nộp thuế về việc tạm dừng giải quyết hồ sơ xét giảm thuế để phối hợp với cơ quan chức năng thực hiện các biện pháp nghiệp vụ theo quy định của pháp luật (Mẫu số 11/TB/KTT) báo cáo lãnh đạo bộ phận để trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt.

Cơ quan Hải quan tiếp tục giải quyết hồ sơ xét giảm thuế ngay sau khi có kết luận của cơ quan có thẩm quyền.

c) Lãnh đạo Đội/bộ phận thực hiện:

Kiểm tra nội dung công chức đề xuất, đối chiếu với các dữ liệu trên hệ thống, các tài liệu có liên quan trong hồ sơ để xác định số tiền thuế được xét giảm. Trường hợp không đồng ý với nội dung đề xuất của công chức, lãnh đạo Đội/bộ phận ghi rõ ý kiến chuyển công chức xử lý hồ sơ thực hiện.

Trường hợp đồng ý với nội dung đề xuất của công chức ghi ý kiến vào Tờ trình, trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt.

d) Lãnh đạo Chi cục thực hiện:

Kiểm tra lại các nội dung trong hồ sơ xét giảm thuế, phê duyệt vào Tờ trình, ký quyết định giảm thuế và các chứng từ có liên quan.

Trường hợp cần làm rõ thêm các nội dung có liên quan, lãnh đạo đơn vị ghi rõ ý kiến vào Phiếu đề xuất chuyển lãnh đạo Đội/bộ phận thực hiện.

2.2. Đối với các trường hợp nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu theo hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu bị thiệt hại một phần hoặc toàn bộ do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ, người nộp thuế được giảm thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu tương ứng với tỷ lệ tổn thất, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi xét giảm thuế.

a) Công chức xử lý hồ sơ thực hiện:

a.1) Kiểm tra hồ sơ xét giảm thuế, kiểm tra các dữ liệu trên hệ thống Vnaccs, Hệ thống thông tin nghiệp vụ hải quan VCIS, Hệ thống E-Customs, chương trình kế toán tập trung và các chương trình quản lý có liên quan để xác định các nội dung cần kiểm tra.

a.2) Chuẩn bị hồ sơ kiểm tra tại doanh nghiệp báo cáo lãnh đạo bộ phận trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt, bao gồm:

- Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT) về việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế kèm toàn bộ hồ sơ. Trong tờ trình phải nêu rõ đối tượng, phạm vi, nội dung, yêu cầu và thời gian kiểm tra.

- Dự thảo Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (Mẫu 10/QĐ/KTT).

a.3) Sau khi lãnh đạo đơn vị ký quyết định kiểm tra, công chức xử lý hồ sơ thực hiện:

- Chuyển 01 Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế cho bộ phận văn thư để gửi cho người nộp thuế;

- Chuyển 01 Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế kèm toàn bộ hồ sơ cho trưởng đoàn kiểm tra.

Thời gian thực hiện các công việc nêu trên chậm nhất không quá 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

a.4) Trường hợp Chi cục thực hiện hoàn thuế, không thu thuế không trực tiếp tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, việc kiểm tra được Cục Hải quan tỉnh, thành phố giao cho một Chi cục Hải quan khác thực hiện. Công chức xử lý hồ sơ của Chi cục làm thủ tục xét giảm thuế lập Phiếu đề xuất (Mẫu 08/ĐX/KTT) trình lãnh đạo bộ phận xem xét, trình lãnh đạo Chi cục phê duyệt các nội dung đề nghị đoàn kiểm tra xác định rõ, thời gian trả kết quả kiểm tra để có căn cứ ban hành quyết định giảm thuế.

b) Trưởng đoàn kiểm tra thực hiện:

b.1) Tiến hành nghiên cứu hồ sơ ngay sau khi nhận được quyết định kiểm tra, đối chiếu các thông tin trong hồ sơ với dữ liệu trên các hệ thống của cơ quan hải quan, thông tin thu thập được từ các đơn vị có liên quan để lập kế hoạch kiểm tra chi tiết;

b.2) Tổ chức họp để phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên trong đoàn kiểm tra, tổ chức nghiên cứu hồ sơ, dự kiến các tình huống có thể phát sinh và phương án giải quyết.

Điều 13. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

1. Việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế áp dụng đối với trường hợp nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu theo hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu bị thiệt hại một phần hoặc thiệt hại toàn bộ do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ, người nộp thuế được giảm thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu tương ứng với tỷ lệ tổn thất, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi xét giảm thuế. Quy trình kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thực hiện tương tự quy định tại Điều 4 Quy trình hoàn thuế, không thu thuế.

2. Trường hợp nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu theo hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu, hồ sơ xuất khẩu, nhập khẩu, sổ sách chứng từ kế toán, chứng từ thanh toán, cơ sở dữ liệu của người nộp thuế bị thiệt hại toàn bộ, cơ quan không có đủ căn cứ để kiểm tra thực tế tại trụ sở người nộp thuế, các Cục Hải quan tỉnh, thành phố có văn bản đề nghị cơ quan Thuế địa phương cung cấp số liệu từ hệ thống dữ liệu lưu trữ của cơ quan thuế làm căn cứ xét giảm thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu tương ứng với tỷ lệ tổn thất.

Điều 14. Thực hiện giảm thuế

1. Ban hành quyết định

a) Công chức xử lý hồ sơ thực hiện:

a.1) Lập Tờ trình (Mẫu 04/TT/KTT);

a.2) Dự thảo Quyết định ấn định thuế Mẫu 09/QĐAĐT/TXNK (Ban hành kèm theo Thông tư 38/2015/TT-BTC) để xác định số tiền thuế đối với nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu theo hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu bị thiệt hại. Trường hợp người nộp thuế đã kê khai bổ sung số tiền thuế phải nộp với cơ quan hải quan thì không thực hiện ấn định thuế.

a.3) Dự thảo Quyết định giảm thuế (Mẫu 17/QĐ/KTT) kèm toàn bộ hồ sơ chuyển đến lãnh đạo phụ trách bộ phận.

b) Lãnh đạo phụ trách bộ phận thực hiện:

b.1) Kiểm tra toàn bộ hồ sơ và nội dung đề xuất tại Tờ trình của công chức.

b.2) Đối chiếu thông tin trên hồ sơ và đề xuất của công chức với các thông tin có liên quan trên hệ thống và ghi ý kiến vào Tờ trình để trình lãnh đạo đơn vị.

Trường hợp lãnh đạo Đội/bộ phận không thống nhất ý kiến với công chức xử lý hồ sơ thì ghi rõ ý kiến chuyển công chức xử lý hồ sơ thực hiện. Thời gian thực hiện chậm nhất không quá 01 (một) ngày làm việc.

b) Lãnh đạo Chi cục thực hiện:

Kiểm tra hồ sơ, nội dung đề xuất tại tờ trình của công chức nếu đồng ý thì ký quyết định giảm thuế. Thời gian thực hiện chậm nhất không quá 01 (một) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ trình.

Trường hợp phát hiện những nội dung chưa rõ thì ghi rõ ý kiến vào tờ trình chuyển lãnh đạo Đội/bộ phận thực hiện.

Quyết định giảm thuế phải được ban hành chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đầy đủ nội dung giải trình của người nộp thuế.

2. Phát hành quyết định

a) Công chức xử lý hồ sơ thực hiện:

a.1) Cấp mã số quản lý hải quan theo thứ tự: Mã Chi cục Hải quan/số thứ tự/Năm/Mã giảm thuế/Mã loại hình tờ khai. Mã số quản lý Hải quan được ghi vào quyết định giảm thuế.

Trường hợp xét giảm thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đang trong quá trình giám sát của cơ quan hải quan, nếu bị hư hỏng, mất mát, mã giảm thuế: GT01.

Trường hợp xét giảm thuế đối với nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu theo hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu bị thiệt hại, mã giảm thuế: GT02.

a.2) Chuyển quyết định đã được lãnh đạo ký đến bộ phận văn thư để lấy số, đóng dấu, ban hành văn bản đi theo quy định.

b) Bộ phận văn thư thực hiện:

b.1) Đóng dấu, vào sổ theo quy định về ban hành văn bản đi. Phát hành 05 bản quyết định đối với trường hợp xét giảm thuế đối với trường hợp xét giảm thuế quy định tại khoản 1 Điều 111 Thông tư 38/2015/TT-BTC; 06 bản quyết định đối với trường hợp xét giảm thuế quy định tại khoản 2 Điều 111 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

b.2) Chuyển quyết định cho các bộ phận có liên quan trong đơn vị;

b.3) Chuyển quyết định cho người nộp thuế: Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ qua đường bưu chính, bộ phận văn thư gửi quyết định giảm thuế và các văn bản có liên quan (nếu có) cho người nộp thuế qua đường bưu chính. Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ trực tiếp tại cơ quan hải quan, bộ phận văn thư trả quyết định cho người nộp thuế, lập sổ giao nhận, ghi rõ số quyết định, họ tên, số chứng minh thư/hộ chiếu của người trực tiếp nhận quyết định.

b.4) Gửi 01 bản chính Quyết định giảm thuế cho cơ quan Thuế địa phương nơi người nộp thuế đóng trụ sở đối với trường hợp xét giảm thuế quy định tại khoản 2 Điều 111 Thông tư 38/2015/TT-BTC để cơ quan Thuế xử lý các vấn đề liên quan đến nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp với cơ quan Thuế.

Điều 15. Thanh khoản và cập nhật thông tin

Trường hợp người nộp thuế nộp tờ khai hải quan giấy ngoài việc cập nhật thông tin giảm thuế vào hệ thống kế toán tập trung, công chức xử lý hồ sơ thanh khoản số tiền thuế giảm và đóng dấu “Đã giảm thuế” trên tờ khai hải quan do người nộp thuế nộp, sao lại 01 bản lưu bộ hồ sơ giảm thuế, trả lại tờ khai hải quan gốc cho người nộp thuế.

Điều 16. Lưu trữ hồ sơ

1. Đối với hồ sơ giấy công chức xử lý hồ sơ chuyển bộ phận lưu trữ hồ sơ của đơn vị để thực hiện việc lưu trữ theo quy định.

2. Việc lưu trữ hồ sơ xét giảm thuế điện tử trong cơ sở dữ liệu của ngành hải quan được thực hiện theo chế độ lưu giữ và bảo quản thông tin của ngành hải quan.

Điều 17. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định giảm thuế

Thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 49, Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Điều 18. Báo cáo số liệu xét giảm thuế

Các đơn vị hải quan lập Báo cáo xét giảm thuế theo quy định tại Thông tư 212/2014/TT-BTC ngày 31/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Kỳ hạn nộp báo cáo thực hiện theo quy định tại Điều 25; thời hạn nộp báo cáo thực hiện theo quy định tại Điều 26 Thông tư 212/2014/TT-BTC ngày 31/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

PHỤ LỤC

MẪU BIỂU HOÀN THUẾ, KHÔNG THU THUẾ XÉT GIẢM THUẾ ĐỐI VỚI HÀNG HÓA XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU
(Ban hành kèm theo Quyết định số 1780/QĐ-TCHQ ngày 17 tháng 6 năm 2016 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan)